约70%病例与遗传或未知因素相关，30%由明确获得性病因导致
全身肌张力障碍的发生机制复杂，主要源于大脑基底节等运动控制区域的功能异常，其常见原因可系统性划分为三大类：遗传性因素，如特定基因突变（例如DYT1基因）导致的家族性综合征 ；获得性因素，即由外部或内部明确损伤引发，如围产期脑损伤、中枢神经系统感染、特定药物副作用或中毒等 ；以及特发性因素，指经过全面检查仍无法确定具体病因的情况 。
一、遗传性因素主导的发病机制
基因突变类型与临床表现 遗传性全身肌张力障碍常由单基因突变引起，具有家族聚集性。DYT1基因突变是导致早发性、进行性全身肌张力障碍的最常见遗传原因，其编码的TorsinA蛋白功能异常影响神经元信号传导 。其他基因如TOR1A、THAP1等的变异也可能导致不同表型的遗传性肌张力障碍 。
基因名称
遗传模式
典型发病年龄
主要临床特征
是否常进展为全身型
DYT1 (TOR1A)
常染色体显性
儿童或青少年期
起始于肢体，常进展为全身性
是
DYT6 (THAP1)
常染色体显性
青少年或成年早期
常累及头颈部和上肢，可进展
是
DYT11 (SGCE)
常染色体显性 (母系印记)
儿童或青少年期
肌阵挛性肌张力障碍，常为节段性
较少
DYT5 (GCH1)
常染色体显性
儿童期
多巴反应性肌张力障碍，晨轻暮重
可为全身性
遗传咨询与风险评估 对于有家族史的患者，进行详细的家系调查和基因检测至关重要。明确致病基因不仅有助于确诊，还能为家庭成员提供遗传风险评估和生育指导。部分遗传性全身肌张力障碍具有不完全外显率，意味着携带致病基因者不一定发病。
二、获得性因素引发的继发性障碍
中枢神经系统损伤 任何在围产期、儿童期或成年期对大脑（尤其是基底节、丘脑、脑干）造成的结构性损伤都可能导致全身肌张力障碍。常见原因包括新生儿缺氧缺血性脑病、严重黄疸（核黄疸）、颅脑外伤、脑卒中或肿瘤 。这类损伤破坏了正常的运动调控环路，引发异常肌肉收缩。
感染与炎症性疾病 中枢神经系统感染是重要的获得性病因。病毒性脑炎（如日本脑炎、单纯疱疹病毒性脑炎）、细菌性脑膜炎后遗症、以及特殊感染如HIV相关脑病、神经梅毒、结核性脑膜炎等，均可通过炎症反应或直接损伤神经组织诱发全身肌张力障碍 。自身免疫性脑炎有时也会表现为肌张力障碍综合征。
药物与毒素暴露 某些药物是诱发全身肌张力障碍的明确因素，尤其是作用于多巴胺系统的药物。长期或过量使用左旋多巴、多巴胺受体激动剂（用于帕金森病治疗）可能诱发剂末现象或异动症，包含肌张力障碍成分 。抗精神病药物（神经安定药）引起的迟发性运动障碍也可能包含肌张力障碍。重金属中毒（如锰、铜）或一氧化碳中毒亦可导致类似症状。
三、特发性及其他复杂情况
特发性肌张力障碍的界定 当患者表现出典型的全身肌张力障碍症状，但经过详尽的病史询问、体格检查、影像学（如MRI）和实验室检查（包括可能的基因筛查）后，仍无法找到明确的遗传或获得性病因时，可诊断为特发性或原发性肌张力障碍 。这并不代表没有病因，而是当前医学技术尚未能识别。
环境与遗传的交互作用 部分病例可能是遗传易感性与环境触发因素共同作用的结果。例如，携带某些风险基因的个体，在遭遇轻微脑损伤或感染后，可能比普通人更容易发展为全身肌张力障碍。这种复杂的交互作用使得病因学研究更具挑战性。
全身肌张力障碍的成因呈现高度异质性，从明确的单基因遗传缺陷到复杂的获得性脑损伤，再到原因未明的特发性病例，构成了一个连续的谱系。准确识别病因是制定有效治疗策略和进行遗传咨询的基础，对于改善患者预后和生活质量至关重要。