要计算山西晋城社保基数16400元的扣税金额，需先确定社保个人缴费部分，再计算应纳税所得额，最后根据税率表得出个税金额。具体如下：
社保个人缴费部分（按常规比例计算）：
- 养老保险：16400×8%=1312元
- 医疗保险：16400×2%=328元
- 失业保险：16400×0.5%=82元
- 公积金：通常按5%-12%缴纳（若单位按12%计算则为16400×12%=1968元）。
- 合计：约3302-3602元（公积金比例不同会导致差异）。
应纳税所得额：
应纳税所得额=税前工资（16400元）-社保个人部分（3302-3602元）-起征点5000元=7798-10098元。个人所得税计算：
- 若应纳税所得额为7798元，属于“不超过36000元”区间，税率3%，速算扣除数0，个税=7798×3%-0≈233.94元；
- 若应纳税所得额为10098元，属于“超过36000元至144000元”区间，税率10%，速算扣除数2520（全年累计预扣，此处简化为月度计算），个税=10098×10%-252≈-1510.2元（实际应为正数，因累计预扣制，需结合全年收入计算）。
提示：
- 公积金缴纳比例需以单位实际政策为准（通常5%-12%）；
- 个税计算需考虑专项附加扣除（如子女教育、房贷等），可进一步降低应纳税所得额；
- 建议通过“个人所得税APP”或单位财务系统输入具体数据获取精准结果。
以上计算基于2025年山西晋城社保政策，具体金额以当地最新规定为准。