新生儿没在90天内参保，可能会面临以下几种情况：
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待遇享受等待期：如果新生儿出生日期距离出生当年12月31日不足90天，监护人可选择缴纳出生次年的医疗保险费，但需注意，未在90天内缴纳相应年度医疗保险费的，按一般人员参保缴费及享受待遇相关规定执行，即在补缴期参保后，待遇享受通常需等待3个月。
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医保费用补缴：部分地区允许新生儿在90天后参保，但需要补缴出生当年的医保费用。例如，湖南省规定，新生儿出生后90天内由监护人凭户口簿或居住证、并使用户口簿或医学出生证明登记的新生儿本人真实姓名，按统筹区规定办理参保登记缴费手续后，可自出生之日享受医保待遇；若未能在统筹地规定时间内办理参保缴费手续的，需按当年度城乡居民医保筹资标准一次性足额缴纳基本医疗保险费，从缴费的下个月起享受医保待遇。
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无法追溯报销：若新生儿在出生90天后参保，且当地政策规定超过90天参保不能追溯报销出生之日起的费用，那么新生儿从出生到参保缴费这段时间内产生的医疗费用将无法通过医保报销。
新生儿应在出生后90天内及时办理参保手续，以确保能尽早享受医保待遇。如果因特殊情况未能在规定时间内参保，家长应尽快向当地社保部门咨询相关政策和补救措施，以便为孩子提供必要的医疗保障。