腹痛、腹泻、脓血便、里急后重、恶心、呕吐、发热是小袋纤毛虫病的主要症状表现，该病由结肠小袋纤毛虫感染引起，以肠道病变为核心，可分为慢性型与急性型两类，部分患者可能出现肠外病变。
（一）肠道症状
慢性型表现
患者多表现为周期性腹泻，症状反复发作，腹痛程度较轻，粪便中可能含有黏液但无脓血，病程可持续数周至数月。部分患者因长期感染导致营养不良或体重下降。急性型表现
突发黏液脓血便，类似痢疾样腹泻，伴随里急后重（排便后仍有未排尽感）。腹痛多为痉挛性，以下腹部为主。严重者每日排便可达10次以上，可能因脱水引发电解质紊乱。伴随症状
患者常出现恶心、呕吐，部分病例有低至中度发热（体温38℃左右）。若感染扩散，可能引发肠穿孔或腹膜炎，表现为剧烈腹痛和腹部压痛。
（二）肠外病变
少数情况下，小袋纤毛虫可侵袭肝、肺等器官，形成脓肿或炎症。肝脏受累时出现右上腹疼痛、肝区压痛；肺部感染则表现为咳嗽、胸痛及呼吸困难。此类病例多见于免疫力低下人群。
（三）症状鉴别要点
需与菌痢、阿米巴肠病、溃疡性结肠炎等疾病区分。下表对比关键差异：
| 疾病名称 | 粪便特征 | 发热情况 | 病程特点 | 病原学检查 |
|---|---|---|---|---|
| 小袋纤毛虫病 | 脓血便伴黏液 | 低热 | 慢性反复或急性 | 粪便查见纤毛虫 |
| 菌痢 | 脓血便无黏液 | 高热 | 急性为主 | 粪便培养出痢疾杆菌 |
| 阿米巴肠病 | 果酱样便 | 无热或低热 | 慢性迁延 | 粪便查见溶组织内阿米巴 |
| 溃疡性结肠炎 | 黏液血便 | 无热 | 持续性复发 | 内镜见溃疡病变 |
小袋纤毛虫病的症状以肠道损害为主导，慢性型与急性型表现差异显著，少数患者可出现肠外并发症，临床需结合病原学检查与其他肠道疾病鉴别，避免误诊。